Voici la réponse, suggérée par Alexandre :
lorsque vous utilisez l'id=LAST_INSERT_ID(id), il définit la valeur de mysql_insert_id =l'ID mis à jour -- votre code final devrait donc ressembler à :
<?
$query = mysql_query("
INSERT INTO table (column1, column2, column3)
VALUES (value1, value2, value3)
ON DUPLICATE KEY UPDATE
column1 = value1,
column2 = value2,
column3 = value3,
id=LAST_INSERT_ID(id)
");
$my_id = mysql_insert_id();
Cela renverra la bonne valeur pour $my_id indépendamment de la mise à jour ou de l'insertion.