Eh bien, j'ai finalement compris - même si c'est un peu une méthode de force brute. Dans les outils d'administration, j'ai dû exécuter catalog.sql et catproc.sql - qui ont recréé les objets sys.
Ceci, suivi de utlrp.sql a résolu tous mes problèmes, et maintenant tous les objets sont compilés avec succès.