Nous sommes finalement allés au fond des choses.
C'était notre utilisation des colonnes nvarchar(max) qui empêchait la réplication d'utiliser des lots. Ce qui prenait auparavant 3 heures prend maintenant 50 secondes simplement en changeant le type de données.
Voici la leçon apprise :"nvarchar(max) est un tueur de réplication"
Merci