Je ne compterais pas sur les valeurs par défaut dans la base de données en conjonction avec JPA. Vous devrez relire l'entité après l'insertion, sinon vous aurez une incompatibilité entre l'état de l'entité et l'état de la base de données.
Choisissez l'approche pragmatique ici et initialisez toutes les valeurs en java. Jamais entendu parler d'un moyen de dire à JPA/Hibernate d'omettre les valeurs nulles dans une insertion/mise à jour.