Les opérations de requête standard ne comparent pas les valeurs d'un champ à un autre. Pour ce faire, vous devez utiliser le côté serveur d'évaluation JavaScript qui peut réellement comparer les deux valeurs de champ :
En supposant que les deux champs sont des instances ISODate
BasicQuery query = new BasicQuery(
new BasicDBObject("$where", "this.creationTime.getTime() != this.lastModified.getTime()")
);