Le principal inconvénient est le biais de requête. Le phénomène selon lequel ces bases de données ont tendance à être conçues avec un type particulier de requête à l'esprit et s'avèrent difficiles à gérer lorsque d'autres requêtes doivent être écrites.
Supposons que vous ayez Étudiants et Cours, et que vous modélisiez tout cela de sorte que vous puissiez dire, sur une seule ligne dans un seul tableau, "John Doe prend {Français, Algèbre, Théorie relationnelle}" et "Jane Doe prend {Allemand, Fonctionnel Informatique, théorie relationnelle}".
Cela permet de demander facilement "quels sont tous les cours suivis par ...", mais essayez d'imaginer ce qu'il faudrait pour produire la réponse à "quels sont tous les étudiants qui suivent la théorie relationnelle".
Essayez d'imaginer tout ce que le système devrait lui-même faire pour donner à une telle requête (s'il était possible de l'écrire) une chance de fonctionner raisonnablement...