Je serais enclin à m'en tenir à la philosophie mongo et à faire des entrées individuelles pour chaque ensemble/élément d'information distinct, plutôt que de compter sur des références dans un objet composite étrange.
60 millions de disques, c'est "beaucoup" (mais ce n'est vraiment pas "une tonne"), et mongodb adore qu'on lui jette plein de petites choses. D'un autre côté, vous vous retrouveriez avec moins de gros objets et prendriez autant d'espace.
(*l'utilisation du back-end tigre filaire avec compression rendra votre disque encore plus performant).
**edit :j'ajouterais également que vous voulez vraiment vraiment vraiment des index à la fin de la journée, c'est donc un autre vote pour cette approche.
