Il semble qu'il vous manque l'argument "sort" dans votre requête.
Essayez quelque chose comme :
db.collection('counters').findAndModify(
{_id:'productId'},
{_id:'descending'},
{$inc: {sequence_value:1}},
function(err,data){
if(!err)
callback(data);
else
callback(err);
});
Voir plus ici :http://docs.mongodb.org/ manuel/référence/méthode/db.collection.findAndModify/