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MongoDB + Web App :Base de données par utilisateur

Oui, une seule collection est préférable, de cette façon vous pouvez utiliser l'indexation à votre avantage.

L'itération sur une liste de bases de données ou de collections prendra toujours O(N) alors que vous pourriez atteindre O(log N) pour trouver des documents individuels à l'aide d'index.