Placez le $sort avant le $group, sinon MongoDB ne pourra pas utiliser l'index pour faciliter le tri.
Cependant, dans votre requête, il semble que vous souhaitiez interroger un nombre relativement faible d'user_ids par rapport à la taille totale de votre collection group_members. Je recommande donc un index sur user_id uniquement. Dans ce cas, MongoDB devra trier vos résultats en mémoire par last_post_at, mais cela vaut la peine en échange de l'utilisation d'un index pour la recherche initiale par user_id.