Je peux en effet reproduire cela. Utilisation d'un index unique pour 2dsphere n'est pas quelque chose qui, à mon avis, devrait être soutenu. La résolution de l'index n'est pas assez élevée pour voir que vos deux points ne sont pas les mêmes. Notre implémentation de l'indice S2 n'utilise que des "cellules" avec au moins 500 m de côté et vos points sont distants d'environ 65 mètres.
Il y a une présentation fascinante sur https://docs .google.com/presentation/d/1Hl4KapfAENAOf4gv-pSngKwvS_jwNVHRPZTTDzXXn6Q/view#slide=id.i0 qui explique le fonctionnement de l'index.
Pour l'instant cependant, je ne pense pas qu'il y ait une solution à votre problème, mais je vais faire une enquête plus approfondie.
