Je viens de trouver une solution et cela fonctionne parfaitement pour moi.
mongoose.connection.db.collection('player').updateOne(
{_id: mongoose.Types.ObjectId('56cb91sf34746f14678934ba')},
{$set: {name: 'Test'}}
);
Cette requête ne mettra pas à jour le updatedAt
champ. J'espère que vous en avez encore besoin !