Je crois que ce que vous cherchez est le $in
opérateur :
Site.deleteMany({ userUID: uid, id: { $in: [10, 2, 3, 5]}}, function(err) {})
Documentation ici :https://docs.mongodb.com/manual/reference /opérateur/requête/dans/
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Documentation ici :https://docs.mongodb.com/manual/reference /opérateur/requête/dans/