Voici la requête que vous devez utiliser :
db.collection.update( { "Queries.Results.id":1 }, { $pull: { "Queries.$.Results": {"id":1} } } )
Vous devez spécifier la clause "where" afin de trouver le document à mettre à jour. Il vous manque également l'opérateur positionnel $, vous devez l'utiliser car les requêtes peuvent avoir plusieurs résultats.