Je pense que votre forme de chaîne ressemble en fait à la représentation python...
s = '{"_id": {"$oid": "4edebd262ae5e93b41000000"}}'
u = json.loads(s, object_hook=json_util.object_hook)
print u # Result: {u'_id': ObjectId('4edebd262ae5e93b41000000')}
s = json.dumps(u, default=json_util.default)
print s # Result: {"_id": {"$oid": "4edebd262ae5e93b41000000"}}
La fonction bson.json_util.object_hook ne semble pas avoir de type de gestion car il y a ObjectId() dans la représentation réelle de la chaîne json.