Peut-être que votre curseur a expiré sur le serveur. Pour voir si c'est le problème, essayez de définir timeout=False` :
for doc in coll.find(timeout=False)
Voir http://api.mongodb.org/python/1.6/api/pymongo/collection.html#pymongo.collection.Collection.find
S'il s'agissait d'un problème de délai d'attente, une solution possible consiste à définir le batch_size (voir autres réponses).
