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comment utiliser peupler et agréger dans la même instruction ?

Avec la dernière version de mongoose (mongoose>=3.6), vous pouvez mais cela nécessite une deuxième requête, et l'utilisation de peupler différemment. Après votre agrégation, procédez comme suit :

Patients.populate(result, {path: "patient"}, callback);

Pour en savoir plus, consultez l'API Mongoose et les documents Mongoose.