Si vous avez converti vos mappages en annotations à partir de xml/yml, assurez-vous de supprimer les anciens fichiers de mappages.
Dans cet exemple exécutant :php app/console doctrine:mapping:convert annotation
à convertir :AppBundle\Resources\config\doctrine\MyEntity.doctrine.xml
dans les annotations en ligne avec ce fichier :AppBundle\Entity\MyEntity.php
une erreur est générée car elle utilise des mappages xml avant d'utiliser des annotations. Supprimez le xml et cela devrait aller.