Requête sur une relation plusieurs à plusieurs en utilisant Doctrine avec Symfony2

Vous pouvez écrire une requête DQL de jointure comme ci-dessous

$em = $this->getContainer()->get('doctrine')->getManager();
$repository = $em->getRepository('YourNamespaceYourBundle:User');
$query = $repository->createQueryBuilder('u')
    ->innerJoin('u.groups', 'g')
    ->where('g.id = :group_id')
    ->setParameter('group_id', 5)
    ->getQuery()->getResult();

Votre mappage pour les groups propriété dans User l'entité gérera la partie de jointure elle-même, vous n'avez pas à mentionner la table de jonction dans votre requête DQL