Vous vous connectez à HeidiSQL en tant que root , il vous montre donc toutes les bases de données, mais vous vous connectez à mysql.exe en tant qu'utilisateur Windows actuel (puisque c'est la valeur par défaut), il ne vous montre donc que les bases de données que cet utilisateur peut voir. Si vous exécutez mysql.exe avec --user=root --password=... , il vous montrera toutes les bases de données.
