mysql-server (quelle que soit sa version) dépend d'autres packages (dans votre cas mysql-community-libs mysql-community-server)
Lorsqu'il est installé en premier lieu avec l'ancienne version, ce matériel est installé. Lorsque vous "désinstallez" mysql-server, ces dépendances ne sont PAS supprimées.
Lorsque vous essayez d'installer la nouvelle version, ces packages encore existants entreront en conflit avec le nouveau package. Peu importe si les fichiers réels du package sont là, c'est le package et c'est la liste de ce à quoi s'attendre qui est en conflit.
Pour résoudre votre problème, déterminez quelles étaient les dépendances de mysql-server et désinstallez-les avant de tenter l'installation.
Cette réponse https ://superuser.com/questions/294662/how-to-get-list-of-dependencies-of-non-installed-rpm-package peut être intéressant pour déterminer de quoi dépend mysql-server
