J'ai eu le même problème. Le fournisseur que j'ai été obligé d'utiliser n'avait que MyISAM et j'ai développé dans InnoDB. Il est possible de migrer car il semble que MyISAM ignore toutes les commandes FK que vous utilisez lors de la création du schéma.
J'ai utilisé une simple exportation depuis Mysql workbench et importé le schéma et le contenu dans l'hôte distant.
Je pense que les contraintes de la base de données seraient conservées puisque j'ai développé et testé en utilisant InnoDB avec vérification FK. Si votre code est solide, le risque que la base de données perde son intégrité devrait être minime. Mais il peut bien sûr y avoir des cas de problèmes imprévus avec les clés si vous ne gérez pas certaines contraintes dans votre code.
Un aperçu de InnoDB et MyISAM les moteurs de stockage pourraient vous donner la réponse si vous vous êtes appuyé sur autre chose qui distingue les deux.
