Jetez un œil aux paramètres de connexion. Faites un clic droit sur la connexion et sélectionnez Modifier les connexions pour vous retrouver dans Gérer les connexions.
Il y a un onglet appelé Profil système. Assurez-vous que le chemin du fichier de configuration voici le bon fichier ini. Dans votre cas, le chemin devrait très probablement être C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.5\my.ini