Vous manquez de mémoire lorsque vous faites une grosse requête ?

En supposant que vous utilisez le pilote MySQL Connector/J fourni par MySQL, je pense que la solution se trouve dans cette page de manuel (notez le paramètre 1 de Connection::createStatement() ):

stmt = conn.createStatement(java.sql.ResultSet.TYPE_FORWARD_ONLY,
              java.sql.ResultSet.CONCUR_READ_ONLY);
stmt.setFetchSize(Integer.MIN_VALUE);