Juste au cas où vous auriez vraiment besoin de le trier maintenant sans reconcevoir votre base de données (ce que je ferais)...
$ids = array(1,2,4);
$query = "SELECT room_location.*, client_room.*, users.* FROM room_location INNER JOIN client_room ON room_location.user_loc_id = client_room.id INNER JOIN users ON room_location.user_loc_id = users.userGroupLocID WHERE userGroupLocID REGEXP '(^|,)(".implode('|',$ids).")(,|$)' ORDER BY room_location.location";