Mysql
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Index probablement mauvais, analyse complète de la table

Si j'exécute ce que vous avez fait ci-dessus, j'obtiens

EXPLAIN select * from  stats_clicked s 
join visitor v on s.visitor_id=v.id 
+----+-------------+-------+------+---------------+--------+---------+--------------------+------+-------------+
| id | select_type | table | type | possible_keys | key    | key_len | ref                | rows | Extra       |
+----+-------------+-------+------+---------------+--------+---------+--------------------+------+-------------+
|  1 | SIMPLE      | v     | ALL  | PRIMARY       | NULL   | NULL    | NULL               |   15 | NULL        |
|  1 | SIMPLE      | s     | ref  | index3,index1 | index3 | 4       | so_gibberish2.v.id |    1 | Using index |
+----+-------------+-------+------+---------------+--------+---------+--------------------+------+-------------+

Cependant, si je tronque, je fais le chargement suivant d'un grand nombre de données (se terminant avec plus de 100 000 lignes) :

truncate table visitor;

insert into visitor (`visited_time`) values
(1467122944),(1467122944),(1467122944),
(1467122944),(1467122944),(1467122944),
(1467122944),(1467122944),(1467122944),
(1467122944),(1467122944),(1467122944),
(1467122944),(1467122944),(1467122944);

insert into visitor (`visited_time`) values
(1467122945),(1467122945),(1467122945),
(1467122945),(1467122945),(1467122945),
(1467122945),(1467122945),(1467122945),
(1467122945),(1467122945),(1467122945),
(1467122945),(1467122945),(1467122945),


insert into visitor (`visited_time`) values
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946),
(1467122946),(1467122946),(1467122946);

insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;
insert visitor(`visited_time`) select `visited_time` from visitor;

select count(*) from visitor;
-- 104448 rows

Il en résulte PAS un parcours de table :

EXPLAIN select * from  stats_clicked s 
join visitor v on s.visitor_id=v.id; 

+----+-------------+-------+--------+---------------+---------+---------+----------------------------+------+-------------+
| id | select_type | table | type   | possible_keys | key     | key_len | ref                        | rows | Extra       |
+----+-------------+-------+--------+---------------+---------+---------+----------------------------+------+-------------+
|  1 | SIMPLE      | s     | index  | index3,index1 | index3  | 9       | NULL                       |   22 | Using index |
|  1 | SIMPLE      | v     | eq_ref | PRIMARY       | PRIMARY | 4       | so_gibberish2.s.visitor_id |    1 | NULL        |
+----+-------------+-------+--------+---------------+---------+---------+----------------------------+------+-------------+

La raison est répertoriée dans la page de manuel Comment MySQL utilise les index :

La raison étant énumérée ci-dessus. Dans l'exemple de votre question, vous aviez trop peu de lignes pour que l'utilisation de l'index en vaille la peine. Le moteur de base de données a donc choisi son moyen prétendument (et probablement) plus rapide de ne pas utiliser l'index sur votre petite table.