Table de partition, chaque partition sur un disque différent sur mon disque dur

...
PARTITION p0
  VALUES LESS THAN (1288562400000)
  DATA DIRECTORY ="C:\\foo\\bar"
  INDEX DIRECTORY ="C:\\foo\\baz",
...

N'oubliez pas que NO_DIR_IN_CREATE doit être désactivé

Comme le souligne user963602, cela ne fonctionne pas directement sur Windows en raison d'un bogue MySQL, voir mon commentaire pour une solution de contournement