Il n'y a rien de mal avec vos journaux.
Une instance mysqli active ne signifie pas qu'il existe une connexion mysql active . Contrairement à PDO, vous pouvez fermer la connexion mysql mais avoir un objet mysqli bien. Donc le message d'erreur dit :
mysqli_report(MYSQLI_REPORT_ERROR | MYSQLI_REPORT_STRICT);
$conn = new mysqli('localhost','root','','test');
$conn->query("SELECT 1");
$conn->close();
var_dump(get_class($conn));
$conn->query("SELECT 1");
vous donnera le résultat attendu :
Vous devez trouver l'endroit où votre code ferme la connexion et le réparer.