Cela pourrait aider :
Si vous souhaitez ignorer les valeurs -1 de la moyenne :
SELECT AVG(`a`), AVG(IF(`b` > -1, `b`, NULL)), AVG(`c`) FROM `t`;
Si vous souhaitez considérer les valeurs -1 dans la moyenne :
SELECT AVG(`a`), AVG(IF(`b` > -1, `b`, 0)), AVG(`c`) FROM `t`;
J'ai supposé des noms de colonne et de table factices et supposé la colonne b
comme celui pour lequel vous ne voulez considérer que les valeurs>=0. N'hésitez pas à mettre des noms selon votre schéma.