J'ai donc fini par utiliser le fputcsv pour mettre les données que j'ai modifiées dans un nouveau fichier CSV, puis j'ai utilisé la commande LOAD DATA INFILE pour mettre les données du nouveau fichier csv dans la table. Cela l'a fait passer d'un délai de 120 secondes pour 1 000 entrées à environ 10 secondes pour 10 000 entrées. Merci à tous ceux qui ont répondu.