JDBI n'est pas très bien adapté à la construction de requêtes dynamiques. À mon avis, l'intérêt de cette bibliothèque est de séparer autant que possible le code et les requêtes SQL.
Cependant, votre cas particulier peut être résolu au moyen de SQL :
COALESCE(:foo, foo)
si 'foo' est le nom de la colonne dans la table, et :foo sera résolu en NULL, alors mysql SET sera effectivement
SET foo=foo
c'est-à-dire qu'il ne fera rien (ce qui est le comportement souhaité dans votre cas). Si :foo n'est pas nul, il sera équivalent à
SET foo=:foo
