Est-ce que spatialite/mysql prend en charge le point 3D ?

Oui, Spatialite prend en charge les géométries 3D (en fait des géométries 2.5D).

Pourquoi cela ne fonctionne pas pour vous, probablement votre colonne de géométrie n'est pas définie comme XYZ . Vous pouvez vérifier les métadonnées de géométrie avec la requête :

SELECT * FROM geometry_columns;