Essayez ceci :
UPDATE table1
INNER JOIN table2 USING (customer_id)
SET table1.customer_id = 999, table2.customer_id = 999
WHERE table1.customer_id = 3
Je n'ai jamais essayé avec une mise à jour des colonnes clés comme celle-ci, mais cela fonctionnerait pour d'autres colonnes, donc ça vaut le coup d'essayer.