sql pdo php où dans la variable

Premier :
attention lorsque vous injectez directement une chaîne dans des requêtes, car vous pouvez être la cible d'une injection SQL

Deuxième :
modifier directement la requête pourrait être la solution la plus simple

// $a is either null or something like [1, 2]
$sql = "SELECT id FROM user";
if ($a) {
    $debug = implode(',', $a);
    $sql = "SELECT id FROM user WHERE id IN ($debug)";
}