$username = mysql_real_escape_string($_POST['username']);
$pass = mysql_real_escape_string($_POST['password']);
$query = "SELECT `pid` FROM `payid` INNER JOIN `user` ON `user`.`uid` = `payid`.`uid` WHERE `user`.`username` = '".$username."' AND `user`.`password` = '".$pass."'";
$result = mysql_query($query);
C'est une bonne idée d'envelopper les noms de colonne dans des backticks. Lorsque vous placez des variables PHP dans la requête, ouvrez des guillemets simples puis concaténez-les avec des guillemets doubles.