Grâce au commentaire de @marcus-adams, j'ai compris. Vous devez utiliser '/qn', '/x' et '{installer:mysqlUninstallKey}' comme arguments séparés dans l'action 'Run executable or batch file' d'install4j. Si vous utilisez 1 argument avec des espaces, cela ne fonctionne pas. Avec cela, il fonctionne sur 32 bits et 64 bits.
