J'ai eu un problème similaire et je l'ai résolu en vérifiant les threads en cours d'exécution. Pour voir les threads en cours d'exécution, utilisez la commande suivante dans l'interface de ligne de commande mysql :
SHOW PROCESSLIST;
Il peut également être envoyé depuis phpMyAdmin si vous n'avez pas accès à l'interface de ligne de commande mysql.
Cela affichera une liste de threads avec les identifiants correspondants et le temps d'exécution, afin que vous puissiez TUER les threads qui prennent trop de temps à exécuter. Dans phpMyAdmin, vous aurez un bouton pour arrêter les threads en utilisant KILL, si vous utilisez l'interface de ligne de commande, utilisez simplement la commande KILL suivie de l'identifiant du thread, comme dans l'exemple suivant :
KILL 115;
Cela mettra fin à la connexion pour le fil correspondant.