Mon réflexe est une sous-requête :
select count(capture_id) as count_captures,
(select count(id) as count_items
from items i where i.creator_user_id = captures.user_id) as count_items
from captures
where user_id = 9
Je ne sais pas vraiment ce que vous pouvez faire pour éviter cela. Vous constatez un comportement attendu (et généralement souhaité).
Bien sûr, si vous savez que les identifiants des deux ne se répéteront pas, vous pouvez utiliser distinct :
SELECT COUNT( DISTINCT capture_id) as count_captures,
COUNT( DISTINCT items.id) as count_items
FROM captures
LEFT JOIN items ON captures.user_id = items.creator_user_id
WHERE user_id = 9
