Votre problème est plus que probable que certaines distributions Linux aient des php.ini différents pour Apache PHP et PHP-CLI, il semble que votre PHP-CLI (que cake baker utilisera) n'a pas les fonctions mysql_* activées.
Pour corriger, vous devrez localiser le php.ini pour la CLI PHP et décommenter la ligne qui inclut la bibliothèque mysql_*. devrait être quelque chose comme "extension=mysql.so". Pour trouver l'emplacement de php.ini, exécutez php -r 'phpinfo();' sur la ligne de commande et faites défiler vers le haut pour voir l'emplacement de php.ini.
