mySQL somme de deux valeurs dans 2 tables différentes

Vous devez UNION les deux tableaux :

SELECT reference, SUM(quantity) AS total_quantity
FROM (
  SELECT reference, quantity
  FROM table_1

  UNION ALL

  SELECT reference, quantity
  FROM table_2) AS t
GROUP BY reference

De cette façon, vous êtes assuré d'obtenir un enregistrement pour une reference valeur même si celle-ci est contenue dans une seule des deux tables.