Il s'avère que c'était une question de requêtes non validées. Merci à Brent Worden pour la question sur les transactions qui m'a amené à regarder autour de moi et à remarquer que j'avais désactivé la validation automatique et que je ne m'engageais pas après les requêtes.
Donc, les solutions qui ont fonctionné pour moi :
conn.setAutoCommit(true);
ou
statement.executeQuery(query);
conn.commit();
Cela permet d'éliminer les requêtes et d'éviter les données obsolètes.
