Les transactions sont atomiques uniquement par rapport aux autres connexions à la base de données essayant d'utiliser les mêmes données, c'est-à-dire que les autres connexions verront soit non les modifications apportées par votre transaction, ou toutes changements; "atomique" signifie qu'aucune autre connexion à la base de données ne verra un état intermédiaire avec certaines données mises à jour et d'autres non.
Le code PHP entre les requêtes ne brisera pas l'atomicité, et peu importe où vous préparez vos instructions.