Le bit 'ALTER TABLE' doit venir en premier, puis chaque partie doit être séparée par une virgule :
ALTER TABLE gitags_items
DROP PRIMARY KEY,
ADD COLUMN id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT FIRST,
ADD PRIMARY KEY (id,component,tag_id,item_id);
mais je ne sais pas si vous pouvez supprimer et créer une clé primaire dans la même instruction.