Je ne connais pas mysql-connector, mais son comportement semble être similaire à MySQLdb à cet égard. Si c'est vrai, vous devez utiliser un peu de formatage de chaîne :
sql = """SELECT avg(downloadtime) FROM tb_npp where date(date) = %s
and substring(host,6,3) in ({c})""".format(
c=', '.join(['%s']*len(dc)))
args = ['2013-07-01'] + dc
cursor3.execute(sql, args)