Oui c'est possible. Utilisez simplement des tableaux pour exprimer les colonnes qui doivent correspondre :
$this->belongsTo('Things', [
'bindingKey' => ['key1', 'ke2'],
'foreignKey' => ['fk1', 'fk2']
]);
Cela correspondra à key1 = fk1
et key2 = fk2