MySQL gère bien cela :
CREATE TEMPORARY TABLE t1 (
c VARCHAR(10)
) CHARACTER SET ="latin1";
INSERT INTO t1 VALUES ("æøå");
SELECT * FROM t1; # 'æøå'
ALTER TABLE t1 CHARACTER SET = "utf8";
SELECT * FROM t1; # 'æøå'
DROP TEMPORARY TABLE t1;
EDIT :Et il n'y a pas de caractères latin-1 qui ne peuvent pas être stockés en utf-8, vous ne devriez donc pas subir de perte de données