Malheureusement, il n'y a pas de remplacement/mise à jour de regex dans MySQL. S'il ne s'agit que de parenthèses, de tirets et d'espaces, des REPLACE imbriqués les appels feront l'affaire :
UPDATE table_name
SET Phone = REPLACE(REPLACE(REPLACE(REPLACE(Phone, '-', ''), ')', ''), '(', ''), ' ', '')
