C'est plus un problème fonctionnel ou organisationnel que technique. Aucun outil ne devinera automatiquement comment migrer des données d'un schéma à un autre. Vous feriez mieux d'apprendre à écrire une procédure stockée afin de migrer vos données.
Vous devrez probablement désactiver les contraintes, créer une table et des colonnes temporaires, copier de nombreuses données, puis supprimer les tables et colonnes temporaires et réactiver les contraintes pour faire migrer vos données.
Une fois en mode maintenance, chaque nouvelle fonctionnalité qui modifie le schéma doit également être accompagnée du script permettant de migrer du schéma actuel et des données en production vers le nouveau.
