mysqlhotcopy ne fonctionne pas dans certains cas où le verrou de lecture est perdu, et ne fonctionne pas avec les tables INNODB.
mysqldump est plus utilisé car il peut sauvegarder toutes sortes de tables.
À partir de la documentation MySQL
mysqlhotcopy est un script Perl qui a été initialement écrit et contribué par Tim Bunce. Il utilise LOCK TABLES, FLUSH TABLES et cp ou scp pour effectuer rapidement une sauvegarde de la base de données. C'est le moyen le plus rapide d'effectuer une sauvegarde de la base de données ou de tables individuelles, mais il ne peut être exécuté que sur la même machine où se trouvent les répertoires de la base de données. mysqlhotcopy ne fonctionne que pour sauvegarder les tables MyISAM et ARCHIVE. Il fonctionne sous Unix et NetWare
Le mysqldump client est un programme de sauvegarde écrit à l'origine par Igor Romanenko. Il peut être utilisé pour vider une base de données ou une collection de bases de données pour la sauvegarde ou le transfert vers un autre serveur SQL (pas nécessairement un serveur MySQL). Le vidage contient généralement des instructions SQL pour créer la table, la remplir ou les deux. Cependant, mysqldump peut également être utilisé pour générer des fichiers au format CSV, autre texte délimité ou format XML.
Au revoir.
