Quelle clé primaire avez-vous utilisée ?
InnoDB utilise un index clusterisé afin que toutes les données soient dans le même ordre que ses index de clé primaire.
si vous n'utilisez pas de clé primaire de type auto-incrémentation, il effectue de grandes opérations de disque pour chaque insertion. il pousse toutes les autres données et insère un nouvel élément.
pour une référence plus longue, essayez de vérifier http:/ /dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/innodb-table-and-index.html